Davvero credevate che il dna…
Davvero?
Parte uno
Se avessi una sterlina per ogni volta che qualcuno ha letto le prove inconfutabili e unanimi degli studi fallimentari sul contagio che ho messo insieme e ha detto “Sì… ma che dire di mio figlio che ha preso la varicella a scuola e l’hanno avuta tutti?” sarei un uomo molto ricco. Il fragrante disprezzo per il tentativo di controllare tutte le variabili in modo scientifico è sostituito da aneddoti vaghi e mal ricordati. Ovviamente non TUTTI i bambini si sono ammalati, non funziona MAI così, quelli che si sono ammalati si sono spalmati su un periodo di tempo più lungo di quanto si ricordi.
Questo è il tipo di (mancanza di) pensiero che mi viene presentato quando parlo di genetica: “Il DNA non esiste!? Ma allora come spieghi che hanno inserito il DNA di una rana in un coniglio per farlo saltare più in alto? Come hanno fatto se non esiste, eh?!”. Qui ci troviamo di fronte alla stessa montagna di presupposti e incongruenze logiche che derivano dalla fede cieca in un argomento.
Se vuoi davvero credere che una qualsiasi di queste pratiche a valle, che hanno a che fare con la genetica, dalla medicina legale al CRISPR ad Ancestry, funzioni nel modo in cui affermano, con livelli di accuratezza ridicoli, PRIMA dovrai mostrarmi cosa affermano di misurare.
Un nucleotide è 100 volte più piccolo di un virus, non è mai stato fotografato perché è così piccolo, non è una cosa fisica, è una sostanza chimica che si dice sia tenuta insieme da ipotetiche forze elettromagnetiche. La persona che sosteneva di averli scoperti, Albert Kossel, li avrebbe trovati in ogni sorta di strane interiora animali, come il timo di vitello. Questo articolo non è pubblicato da NESSUNA PARTE online, qualcuno l’ha visto? AI non sapeva nemmeno dove si trovasse, oh e quando lo troverete, sarà in tedesco.
Quindi, se si vuole affermare che questi metodi a valle funzionano, c’è molto da indagare prima ancora di poter affrontare un dibattito razionale. Ciononostante, scriverò questo articolo per smentire a fondo tutte queste teorie. Spero che dopo i primi articoli vi rendiate conto che si tratta solo di un trucco di magia da quattro soldi, un gioco di prestigio, che quando vedete che la carta è rimasta nascosta nella manica del mago per tutto il tempo, dovrebbe farvi sentire imbrogliati… ma, si spera, più saggi.
FORENSE
Le implicazioni nel mondo reale di questo caso sono enormi. La genetica sulla scena del crimine ha incarcerato centinaia di migliaia di persone. Quindi sicuramente la scienza alla base di tutto ciò è stata RIGOROSAMENTE testata, giusto? Sai, quando forniscono ai laboratori di analisi forensi campioni di cui conoscono l’esito per testarne l’accuratezza nel mondo reale. Beh, se dicessi “NO!”, potresti essere sorpreso quanto Barry Scheck, l’avvocato del Dream Team di O.J. Simpson responsabile della scientifica, che non sia mai stata effettuata (prima del suo intervento) ALCUNA verifica interna dell’accuratezza della genetica forense.
Sì… Orrore allo stato puro… un uomo impreca… di fronte a un’intera sala, in un contesto professionale. Forse è proprio questo che fanno le persone appassionate della verità, piuttosto che i truffatori new age il cui unico interesse è concentrarsi sulla propria immagine pubblica ; ).
Quindi guardate queste due presentazioni sulle debolezze dell’analisi forense, la prima di Greg Hampkian, comproprietario dell’Innocence Project (con Barry Scheck), che scagiona le persone che ritiene siano state imprigionate sulla base di analisi forensi errate.
In questa seconda presentazione del genetista e microbiologo Dane Krane, prestate molta attenzione agli ultimi 5 minuti. Afferma chiaramente che i laboratori di genetica si RIFIUTANO di effettuare test in cieco. Pretendono di conoscere tutte le informazioni su un campione PRIMA che venga analizzato. Lo descrive come un bambino che vuole vedere le risposte a un test prima di sottoporsi! È esattamente così. Vogliono essere in grado di MODELLARE gli input dei sequenziatori in modo che gli output forniscano la risposta che hanno PRESUNTO.
Mi sono imbattuto in questo articolo, linkato nell’immagine, un paio di anni fa e mi ha sconvolto. Fino ad allora, avevo (stupidamente) pensato che, sebbene i virus e tutto ciò che riguardava la loro verifica “scientifica” fossero simili a stregoneria, credevo ancora nella genetica. Questo singolo articolo ha spazzato via tutto sotto i miei occhi. Letteralmente, roba da rimanere a bocca aperta.
Documenta gli sforzi di Barry Scheck e Greg Hampkian per ottenere una sorta di test di accuratezza da parte di agenzie governative come il NIST. Dopo qualche persuasione, li hanno OBBLIGATI a condurre uno studio di accuratezza in cieco. Hanno preso un campione di 3 diversi sospettati, hanno capito chi fosse il colpevole e hanno chiesto a 108 laboratori diversi di trovarlo.
I risultati sono stati SCIOCCANTI… l’affermazione che l’analisi genetica del DNA abbia un’accuratezza del 99,8% è stata RIDOTTA a solo il 6% di risposte corrette!!!!! La cosa peggiore… se avessero semplicemente tirato a indovinare, avrebbero avuto ragione il 33% delle volte… quindi il test genetico è stato PEGGIORE di una semplice ipotesi casuale.
Di seguito è riportato un collegamento al rapporto NIST di 60 pagine in cui si verifica questo fenomeno.
Ascld Lab Jan2015 Coblebutler1,05 MB ∙ File PDF
Ispirati da questa cacofonia, Greg e Barry iniziarono a rappresentare persone per conto di The Innocence Project, occupandosi di casi di quella che ritenevano essere condanne ingiuste basate su prove forensi. Ciò che iniziarono a scoprire fu altrettanto scioccante. Come questo analista “di parte” che distorse i suoi dati a tal punto che solo un altro laboratorio su 17 concordò con le sue conclusioni… Ancora una volta, un ritorno sull’accuratezza INFERIORE al 10%!!!!
Dispositivi di salvataggio chimerici
Quindi non c’è da stupirsi che non eseguano mai test di accuratezza con risultati noti nei test genetici… perché falliscono… clamorosamente. Cosa succede allora quando iniziano a fare cose come i test di maternità e paternità… ma quando sanno chi sono?
Beh… si è verificato un caso come quello di Karen Keegan in cui, a quanto pare, i test genetici hanno rivelato che due dei tre bambini che ha dato alla luce… non erano suoi… LOLOL.
Arriva il meraviglioso strumento di salvataggio del “Chimerismo Genetico” per compensare, ancora una volta, l’abietto fallimento dei test genetici.
Oppure questo in cui un sospettato che corrispondeva esattamente al database del DNA era in prigione al momento del crimine… entra in gioco il nostro dispositivo di salvataggio ancora una volta “CHiMerA”
ANIMALI
OK, OK, quindi gli esseri umani hanno tutti “codici genetici” molto simili (presumibilmente), potrebbe essere difficile distinguerli (non che sia importante in un caso penale o cose del genere). Ma sicuramente puoi fare il minimo indispensabile ed essere in grado di distinguere animali completamente diversi l’uno dall’altro? Beh… cosa ti aspettavi?
Qui, questo canale di notizie ha inviato diversi campioni umani per analizzarli come se fossero cani. Nessun laboratorio è tornato indietro affermando che il campione fosse umano e più della metà dei laboratori ha affermato che si trattava di razze canine diverse!!
Oppure prova questo ESILARANTE video di un tizio che invia un campione della sua lucertola domestica e che, secondo loro, si tratta di un esemplare maschio ebreo ashkenazita.
In effetti, stava diventando così comune che le aziende di genetica si stavano facendo ingannare e ora vogliono quante più prove possibili prima di effettuare il test. Vogliono una foto del cane, vogliono sapere a quale razza pensi che appartenga, vogliono anche un video in cui prendi la saliva del cane. Perché arrivare a tanto se i tuoi strumenti sono così precisi?
EDITING GENETICO/OGM
Giocavo a questo gioco su Twitter in cui un troll senza nome/volto si faceva avanti con in mano un articolo scientifico che sosteneva di aver dimostrato l’esistenza di un virus. Lo leggevo, saltando subito alla sezione metodi, trovavo la parte che conteneva l’inganno, di solito eseguendo un controllo simulato anziché uno reale o qualche altra assurdità del genere, lo sottolineavo, ne facevo uno screenshot e lo rispedivo indietro. Sono diventato così bravo che riuscivo a completare l’intero processo in meno di 3 minuti, con un tempo record di 2 minuti e 15 secondi.
Dopo un po’ avrai letto tutti i giornali e non avrai nemmeno bisogno di guardare, e se non l’hai fatto, puoi semplicemente capire dov’è il trucco prima, conoscendo i loro metodi. Una volta che lo vedi, salta subito all’occhio. Pensalo un po’ come Penn & Teller seduti su un palco a guardare un trucco di magia… sanno sempre che la carta era nella manica del tizio, perché in realtà ci sono solo pochi metodi diversi per portare a termine quella che è essenzialmente la frode della magia.
Allora, io sono Penn Jillete e vi spiegherò tutti i trucchi magici dell’editing genetico e vi mostrerò dove si nasconde la frode. Una volta che l’avrete vista… sarà molto ovvia:
Ecco i 4 metodi principali del trucco magico che useranno:
- Resistenza virale (Lol fottuto)… Voglio dire, inizia con una stupidaggine, vero? Devo spiegare come funziona questo trucco? Prendono qualcosa che non esiste, con una serie di effetti osservabili causati dalle sostanze chimiche che aggiungono, e ne inventano di tutti i colori… Ovviamente il tuo grano “geneticamente modificato” è resistente al tuo pericoloso virus del grano tanto quanto è resistente all’attacco dei folletti.
- Display con luce fluorescente… Proprio come la nostra frode PCR, perché una reazione biochimica che si illumina significa che si può attribuire qualcosa alla suddetta luce? A: A che serve far brillare al buio le interiora di un ratto? B: Anche solo dando una rapida occhiata ai metodi, a un certo punto INSERISCONO tutte le sostanze chimiche fluorescenti prodotte sinteticamente… perché dovresti pensare che mettere un colorante fluorescente in un ratto NON lo faccia brillare, è la domanda?
- Programma di allevamento… Al centro di quasi tutti questi usi agricoli commerciali della tecnologia genetica c’è un programma di allevamento selettivo. Non modificano mai geneticamente, ad esempio, un maiale con genetica bovina in modo che il maiale sia il doppio delle sue dimensioni e produca latte vaccino, giusto? Quello che fanno è prendere attributi NATURALMENTE presenti in una razza che sono considerati RARI o Redditizi. Fanno un sacco di fumo e specchi in una capsula di Petri, POI selezionano selettivamente gli attributi desiderati. Questo non ha niente a che fare con l’editing genetico… sono solo tratti ereditari (che ovviamente esistono e saranno trattati più avanti).
- Imbottitura delle statistiche… Questa è una sorta di combinazione dell’essenza dei 3 punti precedenti. Prendono una varietà, diciamo una coltura come il grano, e affermano di modificarla geneticamente per renderla più resistente a qualche parassita. Ovviamente la allevano selettivamente per trovare le specie più resistenti. Ma questa è solo l’ASSUZIONE che questa pianta sia effettivamente diventata resistente a questo parassita o è una conferma che lo è utilizzando strumenti pseudoscientifici come l’elettroforesi su gel. Continuano ad annaffiare, fertilizzare e spruzzare pesticidi sulle colture… Non è che possano creare una pianta che cresca senza toccarla. Continuano a creare questo ambiente artificiale con tutti i prodotti agrochimici che ci mettono dentro… Forse, nel caso della frutta, in un tunnel di polietilene per aumentare la stagione di crescita. Come vedrete, non riescono nemmeno a far crescere una specie di arancia resistente al gelo a un paio di gradi di latitudine… Hanno preso solo cose “naturali” e fanno affermazioni di imbottitura delle statistiche che in realtà sono solo frodi statistiche.
Grazie per aver letto il progetto “Virology Controls Studies Project”! Questo post è pubblico, quindi sentitevi liberi di condividerlo.
Macellai del topo luminoso
Questa è la domanda che mi viene posta più spesso. “Ma possono far brillare un topo!!!”, cioè wow! Negli anni ’50 sostenevano che ormai saremmo tutti su auto volanti, ma invece la tecnologia moderna ha fatto brillare un topo se masticava un bastoncino luminoso… immagino che questo mi basterà.
Questa è così debole che fa male. Collegato alle immagini c’è il documento in cui modificano geneticamente un topo, presumibilmente per farlo esprimere una sorta di fluorescenza.
Il problema è che… questo non emette fluorescenza da solo… no, certo che no… devono iniettare la luciferina nel topo prima che inizi a brillare.
E LUCFERIN RISPLENDE NATURALMENTE!!!!
Voglio dire davvero… questo trucco di magia è come togliere la moneta da dietro l’orecchio di un bambino… dovrebbe essere un insulto alla tua intelligenza.
MODIFICA DEGLI ANIMALI
Ho quindi chiesto all’intelligenza artificiale di fornirmi tutte le modifiche genetiche presumibilmente reali e tangibili che avvengono negli animali. Analizziamole e cerchiamo il trucco magico.
- Bovini senza corna: Beh, questo è sicuramente un programma di allevamento numero 3, prendono bovini Holstein che hanno dichiarato di avere varietà “rare” senza corna e quando la prole è senza corna dopo aver fatto un po’ di fumo e specchi in una provetta… Et voilà! senza corna. Mi sembra che ci possa essere un’ulteriore questione: come fanno a sapere che la varietà senza corna non è solo un caso di malattia/ferita/avvelenamento durante la gestazione, come una deformità?
- Resistenza ai virus…. lol
- Determinazione del sesso… Ok, forse avrei dovuto aggiungere un altro “trucco magico” alla lista… in realtà non lo fanno… lol. Ammettono ovunque che non lo usano commercialmente, dato che la pratica di determinare il sesso dello sperma ha già un tasso di ritorno del 90%…
Il modo in cui funziona… è abbastanza semplice: gli spermatozoi femminili sono solo leggermente più grandi…
4. Ancora virus….
- Carne muscolare. Beh, dice persino che non viene utilizzata a fini commerciali. Comporta un programma di allevamento, i cui risultati sono stati gonfiati, dato che “più carne” potrebbe essere generata semplicemente iniettando loro steroidi nel mangime.
- Salmone AquaAdvatage. Si tratta di un programma di allevamento con Stat Padding. Allevano selettivamente varietà che crescono tutto l’anno… e poi le tengono in vasche dove controllano la temperatura per simulare l’estate tutto l’anno… Questo è MOLTO stupido.
- Resistenza ai virus…
- Latte di ragno di capra… Ok, questo è molto strano… a parte il fatto che sembra una band rock psichedelica amatoriale… perché? … ok, non mi interessa…Sì, questo è Stat Padding… Confermano questa proteina presumibilmente molto specifica utilizzando l’elettroforesi su gel (nella Parte 2 ho spiegato quanto sia instabile)… Posso garantire che non hanno fatto un controllo per dimostrare che queste bande non sono presenti nel normale latte di capra… non che le proteine siano qualcosa o… qualunque cosa sia, è solo strano…
MODIFICA DELLE PIANTE
- L’acido oelico è una sostanza chimica piuttosto arbitraria, verificata nel modo tipicamente approssimativo. Fa parte di un programma di allevamento e di un’analisi statistica.
- Soia resistente agli erbicidi… dove riducono semplicemente la quantità di erbicida che spruzzano su di essa… lol… sì, le piante saranno migliori se le spruzzi con meno veleno.
- Riso profumato… OK, fanno un sacco di cose strane per fare il riso Basmati o Jasmin… che esiste già… lo fanno… sorprendentemente con un programma di allevamento… orrore.
4. L’aumento della resa e l’uso di azoto sono un’aggiunta statistica e una razza
- Il sapore del pomodoro e la resistenza ai virus dovrebbero essere autoesplicativi. Il sapore è soggettivo.
- Conservazione a freddo delle patate e peronospora. L’accumulo di zucchero durante la conservazione a freddo è davvero una buona idea? Come i conservanti chimici. La resistenza alla peronospora non è un metodo commerciale, come avresti pensato se avesse funzionato.
- Il grano ha ridotto l’allergenicità e migliorato la qualità del grano. La qualità del grano è un programma di selezione. L’allergenicità è piuttosto soggettiva. Dubito fortemente che lo stiano costringendo a mangiare grano non OGM in studi controllati? lol
- Funghi con conservanti….
- La qualità dell’amido di patate dolci è soggettiva
- Resistenza al virus del cetriolo.
X-gal
Un abbonato di Substack mi ha chiesto di parlare del suo lavoro con X-gal, che presumibilmente diventa blu solo in presenza di un enzima specifico.
Quindi, innanzitutto, abbiamo una sostanza chimica completamente sintetica, non presente in natura. Il fatto che diventi blu potrebbe essere attribuito a QUALSIASI ragione inventata per cui si applica al meccanismo che lo determina. Non c’è molto altro da dire a parte questo. Tuttavia, analizzare l’inserimento del plasmide mi ha aperto un varco enorme… quindi grazie (credo, lol)
Quando inseriscono un plasmide usano numerosi metodi, ma tutti ruotano essenzialmente attorno alla stessa cosa: usare una carica elettrica o chimica (ione calcio) per aprire i pori in una cellula e far entrare il plasmide. Come vedrai, questo ha un effetto ENORME su una cellula e sarà il motivo per cui l’X-gal diventa blu nella piastra “gene alterato”, niente a che vedere con la sostanza che dovrebbe esserci dentro.
Voglio concentrarmi sull’elettroporazione. Letteralmente, si usa una carica elettrica ad alto voltaggio (oltre 1000 V) per aprire presumibilmente i pori di una cellula… Questo, guarda caso, viene usato ANCHE nella “clonazione”, dove si prende un ovulo e si inserisce un pezzo, solitamente una cellula della pelle, e si ATTIVA la crescita dell’ovulo sottoponendolo a una scossa elettrica per imitare la “scossa” chimica degli ioni di calcio indotta dallo sperma.
Ora, quest’area mi ha incuriosito… Un uovo NON CRESCERA’ se non viene attivato elettricamente per farlo… non ha nulla a che vedere con il presunto DNA all’interno delle cellule, questo deve essere CARICATO.
Come vedrete in questo canale e nel mio lavoro, molti dei percorsi che sto percorrendo finiscono TUTTI in quella che è essenzialmente una formazione basata sulla CARICA, che si tratti di come i nucleotidi si legano presumibilmente… di come gli enzimi facilitano le reazioni nella PCR, di come misurano letteralmente qualsiasi cosa (tutte le proteine, gli enzimi, gli amminoacidi ecc. ecc.) in cose come l’elettroforesi su gel, tutto riporta allo stesso posto. Quindi, quando ho sentito che è letteralmente così che inizia la vita, è stato beh… un po’ scioccante… (oh, vaffanculo, mi è permesso fare un gioco di parole sdolcinato ogni tanto).
Quindi ho fatto qualche ricerca per vedere se fosse possibile sottoporre un uovo a uno shock per farlo crescere senza aggiungergli nulla e, guarda caso, SI PUÒ… ha persino un nome: Partegenesi.
Quindi gli ovuli cresceranno e si svilupperanno presumibilmente senza un set completo di “DNA”… Sono persino riusciti a far crescere solo cellule FEMMINE in un topo a termine… *Questo non promette nulla di buono per noi ragazzi nell’era della donna moderna indipendente*
Ora SOSTENGONO che negli esseri umani, gli ovuli attivati partogenicamente non arriveranno a termine, teoricamente. Tuttavia ammettono di non averci mai provato. Il solo fatto che possano persino svilupparsi fino allo stadio embrionale, per me, smentisce completamente la teoria genomica/cromosomica della genetica.
Ora, non mi aspetto che tu guardi tutto questo perché è qui principalmente per farti ridere… ma ci sono alcuni seri articoli sottoposti a revisione paritaria e aziende che ti mostrano come realizzare dispositivi di elettroporazione per trasferire plasmidi o attivare uova clonate… da accendini per barbecue… LOLOLOL
CARATTERI EREDITARI
Come all’inizio di questo articolo… quante volte mi è stato detto che i modelli di malattia equivalgono a dimostrare la trasmissione o addirittura l’esistenza di virus, sarei già su uno yacht… Con i tratti ereditari è esattamente la stessa cosa. Naturalmente è evidente che i figli assomigliano ai genitori in misura maggiore o minore. Questo non significa, tuttavia, che questo sia stato determinato in modo definitivo dal liquido filamentoso che si può ottenere da una fragola con detersivo per piatti e sale.
Non è obbligatorio fornire una spiegazione quando si falsificano affermazioni, quindi non ho bisogno di teorizzare su come si formano i tratti ereditari. Penso che sia un argomento affascinante e, se e quando avrò tempo, sarebbe interessante esplorare alcune teorie. Tuttavia, ancora una volta, il fatto che gli ovuli possano essere avviati senza fecondazione e che possano nascere animali SENZA “genetica” paterna è un problema piuttosto grave.
L’epigenetica è il nuovo dispositivo di salvataggio di massa che è stato sistematicamente implementato. È il “sistema immunitario” della genetica. Funziona come un’allegoria dell’influenza del terreno sui “tratti ereditari”. Sostengono che la genetica sia in un continuo stato di cambiamento a seconda delle influenze esterne. Anche ammettendo che una maggiore esposizione al sole per lunghi periodi di tempo cambierà letteralmente la genetica, portando ad avere una pelle più scura nel corso delle generazioni.
Quindi, per me, questo è un chiaro segno che questo è un fattore determinante nel perché hai l’aspetto dei tuoi genitori… il territorio letterale di tua madre è tuo per almeno i primi 9 mesi di sviluppo. Il lato paterno è un po’ più difficile da vedere, ma ancora una volta, quando un ovulo può essere coltivato senza “genetica” paterna, dove ci troviamo veramente? Inoltre, non significa che se è qualcosa “dentro” lo sperma a influenzare l’aspetto, la causa sia lo sperma filante all’interno di una fragola.
ASCENDENZA
Abbiamo visto sopra quanto siano inaffidabili queste aziende come 23 & ME, tanto che quando le persone dicono di aver fatto sesso in modo irregolare, hanno un’enorme difficoltà a dirlo… quindi come fanno queste aziende ad avere una parvenza di correttezza?
Tutte queste aziende di genetica sono di proprietà diretta o hanno società ombrello che sono enormi aziende di bioinformatica come Google o YouTube ecc. Hanno già TUTTE le tue informazioni… quando acquistano aziende di mappatura genetica ottengono l’accesso ai registri, e devono farlo “per motivi legali”, giusto? Quindi, in pratica, se paghi le tasse, voti, hai un passaporto, fai QUALSIASI COSA con il governo, loro sanno chi sei. Questo vale per TUTTI i bambini adottati e i genitori affidatari ecc…
Si tratta di una grande truffa sui dati, lo sanno già… ma ricevo di nuovo la stessa cosa “oh, ho trovato il mio cugino perduto da tempo tramite ancestry.com, DEVE essere stato grazie alla genetica”. Bene… come sopra con la truffa dell’editing genetico, ci sono ESATTAMENTE gli stessi tipi di stupidi trucchi magici impiegati in Ancestry. Ne elencherò alcuni qui sotto per iniziare e poi userò questo video di “10 storie bizzarre sulla genetica” e vedrò se riesci a capirne alcuni.
- Si inventano tutto… Oh, lo sapevi che quest’uomo di colore che vive nel profondo e oscuro Congo è in realtà irlandese al 5%? Ecco una storia inventata e completamente irrazionale.
- Entrambi iscritti al database all’improvviso “si trovano”… questo è un classico… entrambi hanno tutti i dettagli che corrispondono alla perfezione (luogo di nascita, età dei parenti, membri della famiglia in comune ecc. ecc.)… devono solo aggiornare il database per dimostrare che sono effettivamente imparentati…
- Conferma inversa. Ecco come funziona un test forense. Se ci credi al 100%, arriva l’interrogatorio e ti dicono: “Abbiamo una corrispondenza al 100% che ti colloca sulla scena del crimine”. L’uomo pensa di essere stato catturato e confessa. La prova del “DNA” è stata verificata solo dalla confessione, questo può succedere con Ancestry: “Oh, avevi geni diversi quando abbiamo fatto il test”… poi all’improvviso Betty indica il postino…
- Credenza di conferma. Leggermente diversa nel senso che forse prendi due persone che NON hanno più parenti per confermare se qualcosa è vero o no… La genetica di due persone “corrisponde” e loro semplicemente PRESUMONO di essere imparentate.
CONCLUSIONE
Abbiamo visto come, quando effettivamente testata rigorosamente, la presunta accuratezza del 99% dell’analisi genetica forense si avvicini in realtà al 10%. In effetti, è così imprecisa da essere PEGGIORE di una semplice ipotesi e pertanto può essere utilizzata SOLO in modo fraudolento per condannare.
Chiaramente non consiglierei di far controllare il pedigree del tuo cane usando questo materiale, a meno che non sia solo per uno scopo comico, più simile a quello del gioco Indovina chi: “Il tuo cane porta gli occhiali e ha i baffi?”
Spero di aver spiegato adeguatamente come funzionano i trucchi magici a basso costo dell’editing genetico/OGM. Una volta che li vedi, diventano molto evidenti. Non raccolgono mai nulla di utile che sarebbe chiaramente dimostrabilmente favorevole e chiaramente il risultato di un’effettiva modifica genetica. Vivo nel sud della Francia, a pochi gradi di latitudine in meno rispetto alla latitudine limite, quindi non è possibile coltivare agrumi all’aperto. A pochi gradi di latitudine sud, a Valencia, in Spagna, il raccolto è abbondante. Eppure, l’editing genetico NON PUÒ assolutamente farlo al momento. Può far diventare blu una sostanza chimica sintetica in una capsula di Petri o illuminare le interiora di un topo (dopo averle iniettate con un colorante fluorescente).
Quindi mostratemi un adattamento realmente utile a una pianta o a un animale che non sia frutto di allevamento selettivo e potremo parlarne. Il dispositivo di salvataggio dell'”etica” viene sempre tirato fuori come se *potesse* farlo, ma poi lo ritengono eticamente irresponsabile… Quindi datemi solo arance OGM resistenti al gelo che posso coltivare qui nel sud della Francia e sarò felice. OPPURE fate come i Romani e usate il riscaldamento a pavimento.
Infine, il tuo cugino perduto da tempo è davvero tuo cugino perduto da tempo o è solo un imbroglione che non voleva sentirsi truffato di 100 dollari da ancestry.com… o forse quel genoma cinese al 10%, quando tutti i tuoi parenti non hanno mai lasciato Bracknell, è una storia un po’ inverosimile.
In definitiva, credo che stiano misurando qualcosa. I risultati della PCR e del sequenziamento del genoma NON SONO CHIARAMENTE CASUALI. Bisognerebbe essere un TOTALE TOTALE Pazzo per crederci… In effetti, è così facilmente smentibile da test mirati che bisognerebbe DAVVERO mettere in discussione le motivazioni di qualsiasi CRETINO che lo suggerisca… (Saluti Mike). Penso che se avessi due campioni uno accanto all’altro potresti distinguerli… ma anche se scegliessi una semplice metrica di pH, potresti farlo a un certo punto.
Quindi potresti facilmente fare un test a casa che dia l’impressione di mostrare sintomi di malattia…beh, lo hanno già fatto sotto forma di test rapidi dell’antigene che ho dimostrato nei miei studi di controllo essere la viscosità di base e la polarità del liquido che stava testando.
Per ora però… mi sento MOLTO a mio agio nell’affermare che l’intera genetica è una truffa, proprio come la virologia, piena di manipolazioni statistiche e di trucchi di prestigio… Penn Jillete ti ha beccato.
PARTE DUE
Arriviamo quindi alla parte più spaventosa della bufala sul DNA e, per estensione, sui virus. Piena di numeri enormi, macchinari costosi e dichiarazioni di accuratezza estremamente specifiche. Questo sarà un post colossale, purtroppo non c’è modo di evitarlo… lo lascerò tutto in un unico articolo, quindi mettetevi comodi e godetevelo.
Guarda i due video qui sotto:
Il primo è un’animazione di ciò che si sostiene stia accadendo a livello di nucleotidi. Ovviamente non possono mostrarvi immagini reali di ciò che sta accadendo e devono animare tutto perché:
R: I nucleotidi sono così piccoli che non esiste alcun microscopio in grado di vederli.
B. Non sta accadendo fisicamente, poiché avviene in uno stato chimico liquido in soluzione. Tutte queste stringhe, macchie e sequenze non sono fisicamente presenti, sono solo strutture ipotetiche proposte basate sulla modellazione elettrostatica a livello molecolare… tenue, eh!
Questo secondo video mostra la configurazione, l’inserimento dei dati e il funzionamento della macchina stessa. Utile da vedere per orientarsi nel processo. Questa macchina è solo una versione leggermente più complessa di un termociclatore PCR: un elemento riscaldante, alcuni laser, alcune telecamere e una cella di flusso… questo è tutto gente… Un MILIONE di dollari, grazie mille!
I numeri
Per comprendere appieno cosa affermano, esponiamo alcuni dei dati che analizzeremo oggi:
Un campione di saliva umana di un ml potrebbe contenere circa 500 specie microbiche diverse (batteri, funghi, virus, protozoi e parassiti), con un numero totale di organismi che può arrivare a decine di MILIARDI.
Ognuna di queste specie di batteri, ad esempio il comune Streptococcus Mutans, potrebbe contenere variazioni genetiche all’interno dello stesso campione fino al 23% del genoma. Quindi decine di miliardi di organismi, con persino la stessa specie che può differire di 1 su 500 per un quarto dell’intero genoma.
Se pensassi di poter “ripulire” questo campione e sequenziare alcune di queste specie, diciamo che stai dando la caccia agli unicorni… intendo ai virus… Potresti applicare antibiotici per rimuovere tutto il DNA batterico… giusto!? SBAGLIATO… hai tutto lì dentro, che ti piaccia o no.
Ovviamente, questo vale SOLO per un campione di saliva. Se si sequenzia una coltura cellulare, il campione di saliva si trova sopra la linea cellulare, sopra il siero fetale bovino.
Prendono questo campione, lo frullano in una grande zuppa di DNA e lo “tagliano” in segmenti molto piccoli, nella maggior parte dei casi con il sequenziamento Illumina lunghi 150 paia di basi, e li sputano fuori dall’altro lato.
In alcune delle macchine Illumina più avanzate vengono prodotte 10 MILIARDI di letture, lunghe 150 bp.
Riepilogo del contesto per il campione testato:
Gli input che entrano nella loro macchina sono presumibilmente 10 MILIARDI di piccoli segmenti di cui non si sa da quale dei miliardi di microbi provengano, tutti fluttuanti allo stato chimico liquido in una soluzione, quindi non fisicamente presenti, ma semplicemente modellati ipoteticamente in una sequenza.
GLI INPUT
Per iniziare, partiremo da due presupposti fondamentali: A) il DNA e i nucleotidi esistono e possono formare queste sequenze e B) possono essere letti da un sequenziatore Illumina. Questa non è certamente la mia opinione, poiché entrambe presentano una serie di difetti logici ed errori metodologici, di pari portata a questo articolo. Ma per brevità continueremo a partire da questi presupposti come base.
Qui abbiamo tutte le variabili di input che entrano nel sequenziamento Illumina. Per essere breve, mi limiterò a parlare di nuovo solo del sequenziamento Illumina. Il sequenziamento Nanopore è quasi identico nelle sue variabili di input, ma è molto meno accurato del sequenziamento Illumina, con tassi di errore del 15% più elevati perché *tenta*, attraverso le stesse costruzioni problematiche, di fornire letture più lunghe.
Il sequenziamento Sanger è solo una versione potenziata della PCR, che prende di mira solo sezioni specifiche di un genoma con sequenze di oligonucleotidi pre-costituite, quindi la sequenza DEVE essere nota PRIMA di prendere di mira qualcosa (non che questo impedisca loro di affermare di poter effettuare un sequenziamento De Novo con essa (ciarlatani)).
Nessuna di queste variabili di input è mai stata controllata in nessuna fase da nessuno. In altre parole, non eseguire la trascrizione inversa di un campione e mantenere invariate tutte le altre variabili scelte per vedere l’effetto che hanno sul risultato.
Ciò ovviamente rende l’intero processo di sequenziamento ridondante in quanto pseudoscienza, ma mi conosci… lo smonteremo.
IPOTESI
La scelta intenzionale dei reagenti e dei metodi dei 29 distinti passaggi del sequenziamento è un fattore determinante per le sequenze generate.
SCELTA DEI RISULTATI
Cerchiato in rosso è il modello, altrimenti noto come campione. Delle quasi trenta distinte procedure metodologiche, alcune delle quali contengono da decine a centinaia di reagenti (sostanze chimiche liquide) e passaggi metodologici a sé stanti, SOLO il modello è (parzialmente) una variabile di input “naturale”.
Il modello è solo parzialmente naturale a causa delle numerose scelte intenzionali fatte in base a ciò che qualcuno *pensa* sia presente nel campione. Spero che alla fine di questo articolo possiate davvero vedere come la scelta degli input modella la sequenza di output.
Se si ritiene che un campione clinico contenga un virus, verrà inserito nel mezzo di trasporto virale per “conservarlo” ai fini del sequenziamento.
In realtà non preserva affatto le cellule, come avviene con il 2% di FBS e con gli antibiotici nefrotossici, che abbiamo dimostrato causare “CPE” nelle linee cellulari. Inoltre, il siero fetale bovino introduce involontariamente una contaminazione con una fonte genetica bovina. Questo è un fattore da tenere in considerazione (ne dubito fortemente).
SOLO RNA
Fin dall’inizio, nel momento in cui qualcuno decide che un campione contiene un virus, viene immediatamente trattato in modo diverso con il tipo di reagenti utilizzati. Passiamo quindi alla trascrizione inversa. Poiché qualcuno *pensa* che un campione contenga, ad esempio, Sars-CoV-2, che è un virus a RNA, questo deve essere trascritto inversamente, altrimenti il sequenziatore Illumina non sarà in grado di sequenziarlo.
Questa trascrizione inversa ha una sua procedura metodologica piuttosto lunga che prevede non solo un set completo di reagenti specifici, ma anche l’estrazione di RNA, che differisce dalla nostra ben nota estrazione di DNA con sapone/salato.
La nostra trascrizione inversa contiene ANCHE un set di primer che può essere specifico per una sequenza che si desidera cercare in un campione, ad esempio se si è dato per scontato che sia presente.
Prima che il nostro campione, che qualcuno presume contenga un virus, si avvicini alla macchina per il sequenziamento, viene “amplificato” tramite PCR. Vengono sintetizzati oligonucleotidi specifici per amplificare presumibilmente tutto il materiale genetico del Sars-CoV-2. Anche in questo caso si tratta di un processo completamente incontrollato e il semplice fatto che inseriscano sequenze sintetiche NOTE e poi, guarda caso, TROVINO quelle sequenze durante il sequenziamento è… beh… piuttosto prevedibile!!
Questo mette a fuoco uno dei più grandi problemi: come ha fatto qualcuno a effettuare la prima sequenza di un virus se il suo genoma ha dovuto essere amplificato e mirato per “trovarlo”? È stata solo una fottuta fortunata supposizione? Lol… certo che no… è tutto ragionato in modo circolare, confrontato e verificato rispetto a se stesso.
Nessuno è più evidente che con Sars Cov 2. Hanno usato il “Protocollo Takara”, un particolare set di primer, preparazione di librerie, adattatori e adattatori Poly T per TARGETARE parti specifiche di un genoma… che non conoscevano!!!!! Come è stata presa di mira questa sequenza specifica con oligonucleotidi che richiedono di CONOSCERE la sequenza… la mente è confusa!!
Elettroforesi su gel
Il prossimo nella nostra lista di input determinanti è la “Frammentazione e Selezione delle Dimensioni”, dal nome piuttosto innocuo. Si tratta del “taglio” dei filamenti di DNA con enzimi e del loro successivo passaggio attraverso l’elettroforesi su gel, che si dice separi le diverse “dimensioni” e quindi “lunghezze” del DNA in bande. Questa “tecnica” è considerata così sensibile da poter fornire lunghezze esatte dei filamenti di DNA purificati. Nel caso del sequenziamento Illumina di “Sars Cov 2”, questo numero è stato determinato in 150 bp, un numero scelto per “amplificare al meglio le sue regioni”…
Mi concentrerò sull’elettroforesi su gel perché è fondamentalmente il modo in cui TUTTO viene verificato in virologia. In realtà, quando si approfondisce la letteratura, nella sintesi degli oligonucleotidi, nella sintesi enzimatica, nella sintesi proteica, nella sintesi degli amminoacidi, nella sintesi degli anticorpi, nella sintesi dei peptidi ecc. ecc… In effetti, TUTTE le parti in movimento chiamate molecole “biochimiche” e il modo in cui vengono identificate e quindi sintetizzate per essere SPECIFICHE per i processi di PCR e sequenziamento sono completamente previste su varie forme di elettroforesi su gel.
Il principio è eccezionalmente semplice: prendi una batteria a corrente continua, un gel simile all’agar-agar, metti il catodo a un’estremità del gel e l’anodo all’altra… Poiché il DNA è presumibilmente carico negativamente, si muove attraverso il gel verso l’anodo e viene “filtrato” dai pori del gel. Questa “separazione” non ha a che fare con la carica, poiché la differenza di carica tra le dimensioni delle molecole è così minuscola che non influenza la distanza percorsa, che alla fine causa la formazione di bande, più del fattore determinante dell’ATTRITO. Sì, questo intero principio e quindi l’intera “specificità” della PCR e del sequenziamento si basa sull’ATTRITO delle molecole attraverso una gelatina.
Qui sopra ci sono tutte le molecole “biochimiche” che si dice funzionino nell’elettroforesi su gel… Hanno TUTTE carica negativa, sono TUTTE così piccole che non sono mai state fotografate o viste, poiché non esiste un microscopio in grado di riprodurre immagini di cose così piccole. A parte i lipidi e i polisaccaridi, sono essenzialmente tutte identiche nella funzione approssimativa e nelle presunte dimensioni. Sono davvero cose distinte o solo categorie presunte con funzioni inventate per ciò che è essenzialmente solo carica negativa… i miei pensieri sono fermamente con la seconda ipotesi.
Ecco un breve video che mostra il metodo e l’attrezzatura.
Ecco un video piuttosto lungo e noioso sulla SCELTA del gel giusto, questo è importante perché ricordate che è tutta una questione di ATTRITO e le MINIME variazioni nella concentrazione del gel causano risultati completamente diversi. È interessante notare che le proteine vengono più comunemente separate con un gel di poliacrilammide… MA se state cercando DNA di lunghezza 150 bp usate anche la STESSA IDENTICA attrezzatura, incluso lo stesso gel… qualcosa da considerare. Ma dategli comunque un’occhiata per vedere davvero di persona la pura ciarlataneria e l’imprecisione chiaramente presenti in questa “tecnica”.
Ecco tre gel che differiscono di appena l’uno percento nella concentrazione del gel miscelato con lo STESSO campione… Guarda l’ENORME differenza nei risultati… chiaramente completamente diversi… Questo presuppone che i gel siano coerenti e uniformi su tutto il vassoio… il che inevitabilmente sarà incredibilmente difficile da dimostrare.
PCR e specificità del sequenziamento
Il principio fondamentale della PCR e, per estensione, della specificità del sequenziamento è che un enzima, solitamente la Taq polimerasi, può “riconoscere” dove finisce un primer in modo che l’enzima possa quindi “costruire” il resto del filamento di nucleotidi e “copiare e amplificare” il codice… Tenendo presente ancora una volta (un tema ricorrente) che tutto questo avviene in uno stato chimico liquido, non accadendo fisicamente.
Questo enzima, tuttavia, NON è specifico della sequenza Primer… in gran parte perché sostengono che può fare troppe cose perché sia chimicamente possibile essere specifico…
Quindi… questa massa di proteine (una cosa caricata negativamente identificata e verificata in un gel usando la tecnica di cui sopra) NON è specifica ma in qualche modo può “riconoscere” un primer (liquido chimico), non LEGARSI chimicamente ad esso… solo “interagire” con esso in base alla “struttura” di carica elettrostatica (che in realtà non è una struttura fisica, ma solo una struttura ipotetica modellata in stato liquido chimico)… Tenue? Nah amico… non ho ancora iniziato.
Questo enzima è in grado di riconoscere dove iniziare la sua “attività” perché riconosce un ibrido Primer-Stampo. Sfortunatamente, però… questo ibrido Primer-Stampo contenente la REGIONE SPECIFICA DA AMPLIFICARE è ASSOLUTAMENTE IDENTICO nella chimica a un normale ibrido Modello-Stampo che potrebbe essere qualsiasi frammento di DNA nel campione. Cercano di affermare che la CHIMICA è IDENTICA… uno è “disponibile” e l’altro no… nonostante entrambi siano “liberi” e dello stesso gruppo ossidrilico…
Come viene confermata questa specificità? Ti sento piangere… beh, l’hai indovinato collegando una batteria per auto a corrente continua (scherzo, ma non è molto più sofisticato di un alimentatore CA/CC con un variac) a una gelatina. Lo si vede qui nell’articolo di Kary Mullis, che sostiene che, poiché alcune bande diventano più spesse quando cambia qualcosa, ciò significa che il suo enzima (che ha verificato nella sua macchina per gelatina per batterie d’auto) riconosce il suo primer specifico/non specifico/identico/disponibile/non disponibile (che ha verificato nella sua macchina per gelatina per batterie d’auto)…
Ecco il giornale per una risata: MULLISYOUFRAUD
Torniamo quindi allo spettacolo del sequenziamento. Hanno sottoposto questo materiale preamplificato a un gel. Supponiamo che una delle bande contenga tutti gli stessi segmenti di DNA da 150 bp e poi abbiano fisicamente ritagliato quel pezzo di gel…
VOILÀ… IL NOSTRO CAMPIONE È ORA PRONTO PER IL SEQUENTIFICO
Preparazione della biblioteca
Vorrei riportare la vostra attenzione sul video in cima all’articolo, in cui la gentile rappresentante di Illumina ci mostra come eseguire una corsa sulla sua macchina.
Notate le cose programmate nel computer. Inserisce la lunghezza esatta del testo da leggere. Poi sceglie da un menu a tendina le opzioni di preparazione e indicizzazione della biblioteca. Poi si gira verso la telecamera e aggiunge: “Questo include kit di preparazione personalizzati per la biblioteca”.
Il kit di preparazione della libreria contiene essenzialmente tutti i reagenti necessari al sequenziamento del campione. Abbiamo già trattato l’estrazione dell’RNA, la trascrizione inversa, la frammentazione, la selezione delle dimensioni e l’amplificazione tramite PCR. Questi sono tutti componenti della preparazione della libreria. Mancano solo i primer di sequenziamento e gli adattatori.
Quindi, come accennato in precedenza, con un sequenziamento molto mirato come quello di “Sars Cov 2”, il kit di librerie scelto si chiama “ARTIC Protocol” e copre tutti questi reagenti. Questo rientrerebbe nella categoria di una “preparazione di librerie personalizzata”. Ma anche così, in quelli che sono considerati kit di preparazione di librerie “standard” disponibili per SCEGLIERE cosa *si pensa* sia presente nel campione da sequenziare, alcuni dei più comuni sono specifici quanto il sequenziamento di RNA unicellulare con SMART-Seq.
Ecco in effetti gran parte di ciò che definirei “creazione” o “scultura”. Stanno consapevolmente fornendo un bel po’ di informazioni e inserendole nel sequenziatore, indicandogli quanti BP ci sono nelle letture, esattamente cosa sta CERCANDO… cioè RNA e cellule piccole e unicellulari.
PROTOCOLLO ARTICO
Entriamo nel protocollo ARTIC per il sequenziamento di Sars-CoV-2. Contiene un SET di Primer di oltre cento diversi oligonuleotidi sintetizzati che coprono l’INTERO genoma sugli Ampliconi. Quindi, per questa particolare preparazione della libreria, stanno intenzionalmente inserendo una grande porzione della sequenza, per trovare la sequenza… Voglio dire, c’è da stupirsi che troviate la cosa che avete inserito lì??!!
Per non farti dimenticare la parte iniziale della metodologia, questo campione è GIÀ stato amplificato tramite PCR, inserendo intenzionalmente le sequenze che stanno cercando sopra il set di primer potenzialmente specifico per la trascrizione inversa… per poi aggiungere altre 120 sequenze di primer per buona misura.
Adattatori
Come se non ci fossero già abbastanza oligonucleotidi sintetizzati in questa miscela con tutti i primer, ne producono altri per sicurezza. L’adattatore è legato chimicamente alla cella di flusso dove scorrono i PRODOTTI CHIMICI LIQUIDI (mi stancherò di sottolinearlo). Questi dovrebbero penzolare come alghe (se fossero fisicamente lì, ma non lo sono) e “catturare” il DNA che passa. È la “sequenza di primer” di prima linea.
Vorrei precisare che questi vengono tagliati, cioè eliminati, durante la fase di allineamento, in quanto appariranno all’inizio di ogni lettura. Tecnicamente non sono primer, perché presumibilmente non sono presenti nel genoma della cosa che si sta sequenziando…
È strano quindi che questi adattatori possano essere PERSONALIZZATI per “catturare” l’RNA unicellulare.
CELLE DI FLUSSO e LUNGHEZZA DI LETTURA
Fin dall’inizio del protocollo e della parte relativa all’elettroforesi, abbiamo già personalizzato il numero di coppie di basi in ogni lettura, che viene poi programmato nel sequenziatore in modo che “sappia” quanto devono essere lunghe le letture. La cella a flusso, che è essenzialmente la piastra di reazione dove avviene la magia, viene quindi scelta in base alla lunghezza esatta della lettura…
La grande sorpresa qui è che avrebbe potuto esserci una sorta di verifica che il materiale che avevano tagliato fuori dalla banda durante l’elettroforesi fosse effettivamente una catena lunga quanto pensavano (enormi quantità di ipotesi annotate)… Ma NO, ogni cluster non rappresenta una lettura… è essenzialmente solo l’algoritmo del computer all’interno del sequenziatore che taglia le letture nella lunghezza desiderata… nel nostro caso 150 bp
Primer P5/P7
ASPETTA! Pensavi che avessimo finito con la quantità di primer utilizzati! Che ingenuità! No, abbiamo altre sequenze totalmente sintetizzate e totalmente specifiche, inserite intenzionalmente nel mix. Si tratta di primer specifici che possono adattarsi agli adattatori specifici per “catturare” una quantità maggiore di DNA specifico attorno ai cluster in cui sono attaccati alla cella di flusso…
Vi prometto che per quanto riguarda i primer è tutto.
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
OK Se c’è un’informazione su questa farsa di tecnica che dimostra adeguatamente il livello di stupidità coinvolto, è sicuramente la Poly A Tail.
Quando hanno sequenziato i virus a RNA, presumibilmente la prima volta che l’hanno fatto, hanno scoperto che da qualche parte nel mezzo di questa sequenza c’era una serie di gruppi di adenina tutti in fila. Da 20 a 200 (sì, DUECENTO) di fila AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA…..
Ora, invece di eliminare questo evidente problema informatico (qual è la probabilità di avere 200 gruppi di adenina di fila?), hanno deciso di iniziare a chiamarlo una caratteristica dei virus a RNA chiamata coda di poli A. Ora, pensate che potrebbero semplicemente replicare queste scoperte senza modifiche aggiuntive? AHAHA… potrebbero CAZZO.
Sintetizzano una lunghezza quasi esatta di gruppi di timina e LA METTONO ANCHE NEL MISCELA!!! Chiamato Poly T Adapter, letteralmente realizzano e inseriscono la caratteristica per trovarla…
Grazie per aver letto il progetto “Virology Controls Studies Project”! Questo post è pubblico, quindi sentitevi liberi di condividerlo.
ALLINEAMENTO
Si è verificato il fenomeno delle luci lampeggianti causate dai coloranti fluorescenti introdotti appositamente, che sono state generate sotto forma di lettere della lunghezza predefinita di 150 letture di coppie di basi. Con i sequenziatori Illumina di fascia alta ce ne sono fino a 10 MILIARDI.
Ora non mi dilungherò sui difetti intrinseci del funzionamento di questo processo, la cui lista è lunghissima. Riguardano principalmente errori nella lettura e nell’interpretazione dell’ordine delle luci, che di per sé rappresentano un problema piuttosto grave.
In sostanza, la maggior parte di queste porta semplicemente al degrado dei dati e non sono particolarmente interessato a queste inesattezze. Proprio come l’affermazione che la soglia di ciclo elevata sia inaccurata con la PCR, sebbene legittima, è piuttosto superficiale e non affronta nessuno dei numerosi difetti/impossibilità logiche e della “scolpitura” degli output di cui stiamo parlando qui.
Tuttavia, ecco alcuni ambiti da indagare se la cosa può interessare.
Questa parte del processo potrebbe certamente meritare un articolo a sé stante, in quanto è la parte del metodo che presenta la capacità più evidente di generare dati fraudolenti in senso figurato. Questa, tra l’altro, non è una mia opinione, nemmeno lontanamente, ma l’ammissione di qualsiasi genetista intellettualmente onesto e, certamente, di un produttore di programmi di allineamento software open source come MEGAHIT.
La premessa è piuttosto semplice. Si prendono le letture, nel nostro caso lunghe 150 coppie di basi, e si cerca di “cucirle” insieme in contig per poi confrontarle con un database di genomi noti. I due problemi principali sono A: come vengono assemblate e B: i genomi a cui si fa riferimento sono stati TUTTI costruiti con difetti logici e “scolpiti” degli input, ovvero il Ragionamento Circolare (riferimento a se stesso – leggi il mio articolo intitolato Benchmarking Reality) . per saperne di più).
Sebbene la matematica che si cela dietro questi software sia piuttosto complessa e certamente ricca di dati, la terminologia e i principi di base sono piuttosto semplici da comprendere. Le letture di 150 paia di basi sono suddivise in Kmer, che si trovano all’inizio e alla fine delle letture. Questi hanno un valore SCELTO, solitamente intorno a 21. Questo rappresenta una “sovrapposizione”. Quindi i programmi informatici cercano di trovare questi Kmer che si sovrappongono alle letture. Uniscono le letture che presentano una sovrapposizione per formare una sequenza contigua (Contig). I Contig rappresentano un genoma e possono essere confrontati con il database del genoma per “identificare” qualcosa nel campione.
Il vero pane quotidiano della manipolazione avviene in queste sezioni del Kmer, poiché questi programmi informatici impiegano un metodo di allineamento chiamato “metodo del grafico di De Bruijn”. Questo metodo prende la sequenza all’interno del Kmer e la fa scorrere per cercare di forzare la sovrapposizione delle letture.
Il fatto stesso che questi programmi informatici manipolino pesantemente le sovrapposizioni significa che QUESTE CONTIG NON SONO NATURALI. Non appena si ammette che queste sequenze sono in QUALSIASI modo artificiali, significa che NON POSSONO essere utilizzate per identificare alcunché in natura. Fine della storia.
Questo è un breve ma ottimo video che mostra come vengono generati questi contig artificiali. Puoi provare questo programma qui: De Bruijn Graph.
Ancora una volta, per far sì che questo articolo diventi lungo quanto un libro, semplicemente a causa dell’enorme quantità di problemi con tutti questi metodi, elencherò solo tutti i problemi che sorgono consapevolmente con l’assemblaggio del grafico De Bruijn e che danno risultati artificiali.
Questo processo di allineamento non viene dimostrato come un’assurdità inventata, così come non lo sarebbe se si iniziasse a confrontare gli stessi set di dati utilizzando programmi di allineamento diversi, come è stato fatto in questo articolo pubblicato .
Hanno eseguito ben 6648 assemblaggi De Novo con tutti i programmi di assemblaggio più noti.
Nonostante l’ENORME numero di tentativi effettuati, hanno dovuto ammettere che nella MAGGIOR PARTE dei casi non erano riusciti ad “assemblare”, cioè a replicare il genoma precedentemente noto (inventato).
Il numero di coppie di basi in allineamento contiguo variava enormemente da 29k fino a 1100.
La frazione totale del genoma trovata variava di DIECI VOLTE nei diversi programmi di assemblaggio
Considerando tutto ciò, probabilmente non sorprende che, sequenziando il Sars Cov 2 con Nanopore, più della metà dell’assemblaggio sia costituito da errori o manipolazioni.
Immagino che ora la soglia per assemblare accuratamente un genoma sia solo del 50% di copertura… annotato.
FORZARE I CONTI SBAGLIATI
Mentre studiavo il processo di sequenziamento e allineamento, un errore logico mi ha colpito come un pugno nell’occhio. Le implicazioni di ciò sono che non solo queste sequenze non si verificano in natura, ma non possono nemmeno provenire da un singolo organismo; anzi, i contig allineati nel metodo attualmente utilizzato FORZANO specificamente le letture SBAGLIATE.
Ciò è più facile da spiegare se prendiamo in considerazione uno scenario semplificato, il migliore dei casi, in cui i singoli contig completi di un’entità biologica distinta vengono sequenziati dall’inizio alla fine, suddividendoli in letture brevi.
In questo caso, è abbastanza chiaro che le letture provenienti da una distinta fonte biologica del DNA NON DOVREBBERO SOVRAPPORSI.
Ora qui si afferma, e questo è stato confermato numerose volte, che il sequencer NON conosce il valore Kmer utilizzato nell’allineamento per trovare l’input Overlaps. Cioè, se il sequencer conoscesse il valore Kmer durante il sequenziamento e andasse avanti e indietro come un margine di abbondanza in base al valore Kmer, si potrebbero quindi unire i contig il 100% delle volte con lo 0% di errori.
Considerando il FATTO che NESSUNO dei programmi di allineamento funziona in questo modo, DEVONO fabbricare una sequenza non presente in natura.
BOOOOOOM Attraverso la spinta di Chat GPT, alla fine ha voltato pagina e ha ammesso che è statisticamente certo che le sequenze generate siano fabbricate e quindi non vi è alcuna prova che esistano in natura.
Ho realizzato questo rapido grafico per cercare di illustrare il concetto più chiaramente.
I genomi 1 e 2 rappresentano i contig completi (60 paia di basi) di 2 entità biologiche distinte, chiamiamole batteri, lol. I diversi colori delle sequenze rappresentano le Read (20 bp). La sezione gialla rappresenta il Kmer (5 bp).
Quindi, nel nostro primo esempio, stiamo semplicemente sequenziando i nostri batteri utilizzando il caso migliore, ovvero il puro esempio di avere il genoma di un singolo batterio. Notate che i riquadri in rosso rappresentano un tentativo di sovrapposizione utilizzando il metodo del grafico di De Bruijn. In questo caso, la sequenza originale dei batteri NON verrà assemblata poiché non c’è chiaramente alcuna sovrapposizione.
Nel nostro secondo esempio, introduciamo un secondo batterio. Qui possiamo vedere chiaramente che, se si utilizza il metodo del grafico di De Bruijn, non solo né il primo né il secondo batterio saranno allineati in ordine, ma poiché condividono un kmer esatto o simile, saranno costretti a formare un contiguo completamente fittizio.
Qui abbiamo dimostrato che questo metodo di allineamento NON PUÒ sequenziare un organismo unicellulare da solo. Il trucco di salvataggio impiegato è che, poiché questi microrganismi sono numerosi, quando si trova un kmer che corrisponde tra due letture, questo deve essere rappresentativo di una “specie” di microrganismo.
Se così fosse, non ci sarebbe bisogno di manipolare le letture con il metodo del grafico di De Bruijn. Se esistono in quantità così elevate, ovvero miliardi di microrganismi in un singolo campione, 10 miliardi di letture brevi, ci si dovrebbe aspettare di trovare facilmente l’allineamento. Eppure, GPT concorda sul fatto che sarebbe “molto difficile” creare contig se queste letture non fossero manipolate. Non c’è dubbio.
Se si utilizzasse un valore Kmer elevato e nessuna manipolazione del grafico De Bruijn, sarebbe virtualmente impossibile creare QUALSIASI contig.
CONCLUSIONE
Quando si tratta di sequenziamento specificamente “virale”, che è il motivo principale per cui siamo qui, certamente dei virus a RNA che sono il 95% dei presunti responsabili delle pandemie, penso di aver dimostrato adeguatamente che ogni singolo passaggio del metodo viene sintetizzato, manipolato e scelto per modellare il risultato.
Certamente, nel caso dei Primer, inserendo letteralmente le sequenze che presumibilmente stanno cercando, non una ma QUATTRO volte con un’ENORME copertura del genoma, stanno chiaramente CREANDO le sequenze che stanno CERCANDO. E questo è più evidente che con gli adattatori Poly A Tail/Poly T Tail.
Una delle prove che darebbero peso a questa affermazione è il fatto che se non si esegue anche solo UNO di questi passaggi, ovvero la trascrizione inversa, apparentemente NON si potrebbe essere in grado di sequenziare nemmeno un campione puro di Sars Cov 2.
Solo per mostrarvi la LORO spiegazione del presunto perché… RNA e DNA sono IDENTICI in chimica, a parte un ossigeno in più sull’RNA. Ora, tutto il legame avviene al gruppo ossidrilico (OH) che SIA l’RNA che il DNA hanno… ma in qualche modo un enzima può “PERCEPIRE” elettrostaticamente (la chimica è identica e non reagisce, ma semplicemente “interagisce”) la differenza della sua “struttura” (non che sia fisicamente presente, dato che è una sostanza chimica allo stato liquido). Come fanno a saperlo? Avete indovinato… verificato dal nostro amato metodo della batteria per auto e della gelatina… (da confermare).
Ecco qui le scuse estremamente tenui sul perché le sequenze vengano prodotte solo se si prova a produrle. Si tratta di un chiaro processo decisionale che modella il risultato attraverso numerose scelte basate su ciò che un genetista PENSA sia presente nel campione.
In realtà, nemmeno i genetisti hanno fiducia nel processo di allineamento, poiché persino il consenso generale è che esista un “tasso di errore” e una lista di problemi lunga quanto un braccio. La vera prova schiacciante risiede nel principio fondamentale di unire insieme piccole sequenze che A: non possono provenire dallo stesso microrganismo e B: non possono essere considerate naturali, poiché il metodo del grafico di De Bruijn fabbrica consapevolmente le sequenze.
Se il sequenziamento genetico NON PUÒ dimostrare che una sequenza è presente in natura, allora NON PUÒ essere utilizzato né da solo né tramite PCR per dimostrare che qualcuno ha al suo interno un microrganismo, che causa un’infezione o altro, in particolare un “virus”.
COME VERIFICARE L’IPOTESI
In questo articolo ho esposto la miriade di variabili che fungono da input per la modellazione della macchina per salsicce. Considerando che un test Illumina con un elevato numero di letture costa quasi 2000 dollari a campione, se dovessimo provare a controllare ogni singola variabile in questo metodo, non ho dubbi che il test si avvicinerebbe al milione di dollari. Ritengo che questo approccio, pur fornendoci la prova assoluta di quale di queste variabili abbia la maggiore influenza sugli output, sia del tutto superfluo.
Penso che siano chiare le aree che potrebbero potenzialmente avere la maggiore influenza, ovvero la trascrizione inversa, l’amplificazione tramite PCR, la preparazione della libreria e l’allineamento. Queste sono le variabili che abbiamo scelto di provare a controllare. L’allineamento è molto più sotto il nostro controllo, dato che parte del progetto è affidata a qualcuno in grado di gestire i programmi di allineamento e i set di dati.
Per condurre i nostri controlli, ci avvaliamo di Organizzazioni di Ricerca a Contratto (CRO) indipendenti e accreditate, in cieco. Abbiamo quindi cercato di convincerle a modificare queste variabili di input commissionando loro di CERCARE elementi specifici nella capsula. Per il nostro controllo negativo, abbiamo chiesto loro di sequenziare il DNA di una linea cellulare e l’hanno trattata in un modo. Per la prima delle nostre colture di prova, abbiamo comunicato loro di aver trovato un “virus” nella nostra coltura a causa della presenza di CPE in un campione clinico e di volerne sequenziare l’RNA per sequenziare questo virus specifico.
Questo è il modello del modo in cui ritengo sia meglio controllare questa metodologia nel caso in cui altri fossero interessati a condurre i propri studi.
Tieni d’occhio questo spazio.
Di Franco Remondina